クリニックの節税対策10選｜医院経営者が知るべき効果的な税金対策
目次
「税金が高すぎる」「もっと手元にお金を残したい」－これは多くのクリニック経営者に共通する悩みです。実は、適切な節税対策を行うことで、年間数百万円の税金を削減することも可能です。
本記事では、当社が300件以上の医院をサポートしてきた経験から、即効性があり、かつ税務調査でも問題にならない「正しい節税対策」を10個厳選してご紹介します。単なる税金の先送りではなく、キャッシュフローを改善し、経営基盤を強化する実践的な方法をお伝えします。
クリニック経営における節税の重要性
節税対策は単に税金を減らすだけでなく、クリニック経営の安定化と成長に直結する重要な経営戦略です。
節税がもたらす3つの効果
キャッシュフローの改善
手元資金が増え、設備投資や人材投資が可能に
経営リスクの軽減
内部留保の充実により、不測の事態に対応可能
成長投資の原資確保
最新医療機器の導入や分院展開の資金確保
医院経営者の税負担の実態
個人診療所の場合、所得税・住民税・事業税を合わせると、最高税率は約60%に達します。
| 課税所得 | 所得税率 | 住民税 | 事業税 | 実効税率 |
|---|---|---|---|---|
| 1,800万円超 | 40% | 10% | 5% | 約52% |
| 4,000万円超 | 45% | 10% | 5% | 約57% |
節税対策1：少額減価償却資産の特例活用
概要
30万円未満の資産は、購入年度に全額を経費計上できる特例です。通常は耐用年数に応じて減価償却しますが、この特例により即時の節税効果が得られます。
メリット
- 購入年度に全額経費化（即効性の高い節税）
- 年間300万円まで適用可能
- 青色申告者なら誰でも利用可能
具体的な活用例
| 購入物 | 金額 | 通常の償却 | 特例適用 | 初年度節税額 |
|---|---|---|---|---|
| 診察用チェア | 25万円 | 5年償却（5万円） | 全額償却（25万円） | 約10万円 |
| パソコン | 20万円 | 4年償却（5万円） | 全額償却（20万円） | 約7.5万円 |
| 空気清浄機 | 15万円 | 6年償却（2.5万円） | 全額償却（15万円） | 約5万円 |
実践のポイント
- 決算期末に利益が出そうな場合は、必要な備品を前倒しで購入
- 1組30万円以上の物は、分割購入を検討（例：待合室の椅子）
- レンタルより購入の方が節税効果が高い場合も
節税対策2：医療機器の特別償却・即時償却
概要
高額医療機器については、通常の減価償却に加えて特別償却が可能です。また、一定の要件を満たせば即時償却（100%償却）も選択できます。
利用可能な制度
中小企業投資促進税制
- 160万円以上の医療機器
- 30%の特別償却または7%の税額控除
- 資本金3,000万円以下の医療法人
医療機器特別償却制度
- 高度医療機器が対象
- 12%の特別償却
- 取得価額500万円以上
節税シミュレーション
MRI装置（1億円）導入の場合
| 償却方法 | 初年度償却額 | 節税効果 |
|---|---|---|
| 通常償却（6年） | 1,667万円 | 約750万円 |
| 30%特別償却 | 4,667万円 | 約2,100万円 |
| 即時償却 | 1億円 | 約4,500万円 |
活用時の注意点
特別償却は「税金の繰り延べ」効果です。将来の償却額が減るため、長期的な資金計画が重要です。
節税対策3：専従者給与の最適化
概要
配偶者や親族を青色事業専従者として雇用し、適正な給与を支払うことで、所得分散による節税が可能です。
青色事業専従者の要件
- 青色申告者と生計を一にする配偶者・親族
- 年齢15歳以上
- 6ヶ月以上専従
- 事前に「青色事業専従者給与に関する届出書」を提出
節税効果の実例
ケース：院長所得3,000万円の場合
専従者給与なし
- 院長所得：3,000万円
- 所得税等：約1,200万円
- 手取り：約1,800万円
配偶者に年600万円支給
- 院長所得：2,400万円
- 院長の税金：約850万円
- 配偶者の税金：約80万円
- 世帯手取り：約2,070万円
年間270万円の節税！
最適な専従者給与の目安
| 業務内容 | 適正給与の目安 | 備考 |
|---|---|---|
| 受付・事務全般 | 月30〜50万円 | フルタイム勤務 |
| 経理・総務責任者 | 月40〜60万円 | 専門性を考慮 |
| 看護業務 | 月35〜55万円 | 資格保有者 |
節税対策4：小規模企業共済・iDeCoの活用
概要
掛金が全額所得控除となる制度を活用し、老後資金を準備しながら節税を実現します。
制度比較
| 項目 | 小規模企業共済 | iDeCo |
|---|---|---|
| 掛金上限 | 月額7万円 （年84万円） |
月額6.8万円 （年81.6万円） |
| 所得控除 | 全額控除 | 全額控除 |
| 節税効果 （税率45%の場合） |
年間約38万円 | 年間約37万円 |
| 受取時の税制 | 退職所得控除 | 退職所得控除 または公的年金控除 |
長期シミュレーション
30年間積み立てた場合（小規模企業共済）
- 掛金総額：2,520万円（月7万円×30年）
- 節税総額：約1,134万円（税率45%の場合）
- 実質負担：約1,386万円
- 受取予想額：約3,000万円（運用益含む）
実質負担の2倍以上の老後資金を確保！
活用のポイント
- 両制度併用で年間165.6万円の所得控除
- 掛金は1,000円単位で増減可能
- 前納制度を使えば来年分も今年の控除に
- 廃業時は退職金として有利に受取可能
節税対策5：社会保険診療報酬の特例（概算経費）
概要
社会保険診療報酬が5,000万円以下の場合、実際の経費に代えて概算経費を使用できる特例です。
概算経費率
| 社会保険診療報酬 | 概算経費率 | 控除額 |
|---|---|---|
| 2,500万円以下 | 72% | - |
| 2,500万円超〜3,000万円 | 70% | 50万円 |
| 3,000万円超〜4,000万円 | 62% | 290万円 |
| 4,000万円超〜5,000万円 | 57% | 490万円 |
メリット・デメリット比較
メリット
- 実際の経費率が低い場合に有利
- 経費の記帳・保存が簡素化
- 青色申告特別控除との併用可
デメリット
- 自由診療収入は対象外
- 実際の経費率が高い場合は不利
- 医療法人は適用不可
節税効果の計算例
社会保険診療報酬3,000万円、実際の経費率50%の場合
- 実額経費：1,500万円
- 概算経費：2,150万円（70%+50万円）
- 差額：650万円
- 節税額：約260万円（税率40%の場合）
節税対策6：生命保険を活用した節税と退職金準備
概要
法人契約の生命保険は、保険料の一部を経費計上しながら、退職金の原資を準備できる優れた節税ツールです。
主な保険商品と経費計上割合
| 保険種類 | 経費計上割合 | 特徴 |
|---|---|---|
| 逓増定期保険 | 1/2〜全額 | 高額保障・解約返戻金あり |
| 長期平準定期保険 | 1/2（前半期間） | 長期の退職金準備に最適 |
| 養老保険 | 1/2（福利厚生） | 満期金あり・全員加入要 |
活用事例
医療法人での退職金準備
- 契約者：医療法人
- 被保険者：理事長（45歳）
- 年間保険料：500万円
- 保険期間：20年
20年後の効果
- 支払保険料総額：1億円
- 損金算入総額：5,000万円
- 節税効果：約1,500万円
- 解約返戻金：約9,000万円
- 実質負担：約8,500万円で9,000万円の退職金原資
注意点
- 2019年の税制改正で損金算入ルールが変更
- 最高解約返戻率により損金算入割合が決定
- 名義変更や契約者貸付は税務リスクあり
節税対策7：経営セーフティ共済（倒産防止共済）
概要
取引先の倒産リスクに備えながら、掛金を全額損金計上できる国の共済制度です。
制度の特徴
掛金
月額5,000円〜20万円
年間最大240万円
税制優遇
掛金全額が損金算入
前納で1年分を一括損金化
解約時
40ヶ月以上で100%返戻
任意解約可能
節税活用例
決算対策での活用
3月決算の医療法人が、2月に利益が1,000万円出る見込みの場合
- 2月に加入申込み
- 月額20万円×12ヶ月分=240万円を前納
- 240万円を当期の損金に算入
- 法人税等約72万円の節税
※40ヶ月後に解約すれば240万円が戻る（実質的な税金の繰り延べ）
クリニック経営での活用メリット
- 患者数の季節変動による利益調整に活用
- 医療機器購入資金の一時的なプールとして
- 800万円まで積立可能（内部留保の代替）
- 取引先歯科技工所の倒産時は無利子融資も
節税対策8：自宅兼診療所の経費按分
概要
自宅の一部を診療所として使用している場合、家賃・光熱費・固定資産税などを合理的に按分して経費計上できます。
按分可能な経費項目
| 経費項目 | 按分基準 | 一般的な按分率 |
|---|---|---|
| 家賃・住宅ローン利息 | 床面積比 | 30〜50% |
| 固定資産税・都市計画税 | 床面積比 | 30〜50% |
| 水道光熱費 | 使用実態 | 20〜40% |
| 通信費（電話・インターネット） | 使用頻度 | 50〜80% |
| 火災保険料 | 床面積比 | 30〜50% |
按分計算の実例
床面積200㎡の自宅兼診療所の場合
- 診療所部分：80㎡（40%）
- 自宅部分：120㎡（60%）
| 年間支出 | 総額 | 経費計上額（40%） |
|---|---|---|
| 住宅ローン利息 | 120万円 | 48万円 |
| 固定資産税 | 30万円 | 12万円 |
| 水道光熱費 | 36万円 | 14.4万円 |
| 合計 | 186万円 | 74.4万円 |
年間約30万円の節税効果（税率40%の場合）
税務調査対策
- 間取り図を作成し、診療所部分を明確に
- 診療所の看板・入口の写真を保管
- 光熱費は使用実態の記録を残す
- 按分率の合理的な根拠を文書化
節税対策9：福利厚生費の有効活用
概要
従業員の福利厚生を充実させることで、経費計上しながら職員満足度を向上させ、人材確保にもつながる一石三鳥の節税対策です。
経費計上可能な福利厚生
健康管理
- 人間ドック費用（年1回）
- インフルエンザ予防接種
- ストレスチェック
慶弔・レクリエーション
- 慶弔見舞金
- 忘年会・歓送迎会
- 職員旅行（年1回）
教育・研修
- 資格取得支援
- 学会参加費
- 書籍購入費
その他
- 制服・白衣支給
- 食事補助
- 通勤手当（非課税枠）
節税効果と投資対効果
従業員10名のクリニックでの年間福利厚生費
| 項目 | 単価 | 年間費用 |
|---|---|---|
| 人間ドック | 5万円×10名 | 50万円 |
| 職員旅行 | 10万円×10名 | 100万円 |
| 忘年会等 | - | 30万円 |
| 研修費 | 3万円×10名 | 30万円 |
| 合計 | - | 210万円 |
節税効果：約84万円（税率40%）
副次効果：離職率低下、採用コスト削減、生産性向上
注意事項
- 全従業員を対象とすること（差別的取扱いは否認リスク）
- 社会通念上相当な金額であること
- 現金支給は原則給与扱い（現物給付が基本）
節税対策10：決算期対策と利益調整
概要
決算期前の適切な利益調整により、無駄な税金を支払わず、計画的な節税を実現します。
決算3ヶ月前からの対策
利益予測と対策立案
- 月次試算表での利益確認
- 必要な節税額の算出
- 対策の優先順位決定
設備投資・修繕の実施
- 医療機器の更新・購入
- 診療所の修繕・改装
- 少額資産の購入
経費の前倒し計上
- 消耗品のまとめ買い
- 保険料の年払い
- 広告宣伝費の先行投資
効果的な決算対策メニュー
| 対策 | 実施時期 | 節税効果 | 注意点 |
|---|---|---|---|
| 決算賞与 | 決算日まで | 高 | 支給基準の明確化 |
| 修繕費計上 | 決算日まで | 中〜高 | 資本的支出との区分 |
| 在庫評価見直し | 決算日 | 中 | 継続性の原則 |
| 貸倒引当金 | 決算日 | 低〜中 | 個別評価の根拠 |
決算直前チェックリスト
節税対策の注意点とリスク
過度な節税のリスク
資金繰りの悪化
節税のための支出で手元資金が枯渇し、運転資金不足に陥るリスク
税務調査リスク
不自然な経費計上や租税回避行為は、税務調査で否認される可能性
金融機関評価低下
利益を過度に圧縮すると、融資審査で不利になる場合も
健全な節税の原則
- 事業目的との整合性：節税だけが目的の支出は避ける
- 適正な利益の確保：内部留保とのバランスを考慮
- 継続性の維持：一時的な節税より長期的視点を重視
- 専門家の活用：税理士等の専門家に相談して実施
まとめ：バランスの取れた節税戦略
効果的な節税対策は、単に税金を減らすだけでなく、クリニック経営の基盤強化につながります。本記事で紹介した10の対策を、自院の状況に応じて組み合わせることで、年間数百万円の節税も可能です。
節税対策の実施優先度
| 優先度 | 対策 | 理由 |
|---|---|---|
| 高 | 小規模企業共済 少額減価償却資産 |
リスクが低く確実な効果 |
| 中 | 専従者給与 福利厚生費 |
副次効果も期待できる |
| 低 | 生命保険 決算対策 |
状況により検討 |
今すぐ始められる3つのアクション
- 現状分析：今年の所得予測と実効税率の確認
- 制度加入：小規模企業共済・iDeCoへの加入手続き
- 専門家相談：税理士による節税診断の実施
節税対策は「知っているか知らないか」で大きな差が生まれます。しかし、適切な実行には専門知識と経験が必要です。当社では、各クリニックの状況に応じた最適な節税プランをご提案し、実行までサポートしています。
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あなたのクリニックでどれだけ節税できるか診断します
- 現在の税負担額を分析
- 実施可能な節税対策をリストアップ
- 年間節税可能額をシミュレーション
- 優先順位をつけた実行プランの提案